1、加强沿海地区的法制建设
根据不断出现的实时海洋生态环境问题继续完善《海洋环境保护法》，弥补在海岸带管理方面的某些空白，只有不断地完善和加强法制建设，加大执法力度，严格按照制度处理相关问题，才能提高我国海洋保护的依据性和可协调性，为海洋生态系统的保护提供了坚实的后盾。
2、控制陆源污染物和海上污染物的扩散
对工业废水的排废量进行控制，严格审批入海口和排污口；提高污水处理厂的脱氮、脱磷工艺水平，引进先进仪器，淘汰落后的污水处理工艺流程；实现农业的清洁生产，降低农药和化肥的利用率；严格管理海上石油作业的安全性，严格审查携带化学品的过往船只的安全性，尽可能把发生事故的概率降到最低。
3、加强海洋环境监测
全方位海域监测和部分区域监测有效地结合起来，利用人工定点监测和遥感卫星总体监测等方法及时发现污染源或不合理的海洋资源利用项目，做到及时治理，把污染源扼杀在萌芽中，减少经济损失。进一步加大入海排污口、近海旅游度假区和典型海洋生态脆弱区的监测力度。从根本上，处理一切不利于海洋生态环境的状况发生，有效的保护海洋环境。 4、海洋资源的合理开发
合理开发海洋资源，对一些不利于海洋生态系统的项目工程，少开发或不开发，科学的论证海域使用的合理性，从源头上严格审批海洋资源利用的方案，对正在进行的污染和破坏海洋生态系统的项目加大监管力度，从而有效地保护海洋环境。
5、提高公民保护海洋意识
普及海洋知识，举行海洋保护专题讲座，印发海洋保护宣传册，把最切实的海洋环境问题传达给公众，提高公民的保护海洋生态系统的自觉性。从思想上重视就能在行动上制约。
海洋生态系统稳定与否和海洋生物多样性紧密相关，海洋生态环境稳定则生物多样性趋于平衡，反之，则生物多样性减少，目前的由于海洋生态系统不断受到外来人为因素的影响，生态系统的平衡性已被逐渐打破，海洋生物种类也因此逐年减少，其后果直接影响到当代人的利益，然而更为重要的是对后代人产生了积累性不良后果。因此，我们当代人应肩负起保护海洋生态环境，维护海洋生态平衡，保证海洋生物可再生循环繁衍的历史使命，遏制住海洋生态环境不断恶化的趋势，从保持海洋生态系统稳定性这一前提出发，建立满足海洋经济可持续发展的海洋生态环境，即为大力发展海洋经济与海洋环境污染防治相协调的同时，要特别突出海洋生态保护的重要性。因此，应采取进一步的措施和方案致力于加强海洋生态环境和生物多样性的保护。
1、形成严格的捕捞制度
在大力发展渔业及其附属产业的同时，严格控制渔业捕捞强度，做好渔业资源的增殖和养护，对特定鱼类根据其繁殖特性进行分季节分批次的捕捞，禁止非法大规模持续性捕捞，保证渔业资源的可持续性，与此同时，调整和完善海洋生物资源的养护条件，建立渔业资源保护区，确保海洋生物资源平稳，有效的利用。
2、建立海洋管理试验区
以改善海岸带生态系统和生物多样性为目标，可建立海洋管理试验区，在尽可能不影响海洋生态系统的前提下，合理规划布局，开发利用海洋资源，建立一套海洋管理的指标体系，并根据实验区所呈现出来的问题，不断完善海洋管理，同时深入加强海洋生态环境评价和海域监督管理，提高海洋生态系统的稳定性。
3、海洋自然保护区建设
随着海洋经济的大力发展，海洋资源开发和生物多样性保护的矛盾日益严重，我国已有文昌鱼、斑海豹等多个稀有物种濒临灭绝，因此，应大力加强海洋自然保护区的建设，合理规划布局自然保护区，提高自然保护区的管理水平，极大限度确保稀有物种的正常繁殖。
4、防护林建设和赤潮防治的监测
防护林建设不仅在防护海潮效果明显，在改善海洋生态环境，维护海洋生态平衡也具有极为重要的作用。赤潮是在特定的环境条件下，海水中某些浮游植物、原生动物等爆发性增殖引起水体变质的灾害，灾害形成时间长，范围广，因此应高度重视避免赤潮灾害的发生，即为建设海域赤潮监测监视预警网络，并对重点海域和赤潮多发海域实施严密的监视监测，减少赤潮灾害所带来的损失，保障人民生命财产安全。
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