外观形状不同

莳萝的果实为双悬果，但多数裂成分果，干燥后呈扁平广椭圆形，长3mm～4mm，宽2mm～3mm，厚约1mm，背面有3条不甚明显的棱线，两侧棱线延伸作翅状。

小茴香的果实也是双悬果(市售小茴香多为双悬果)，干燥后呈小圆柱形，两端稍尖，长5mm～8mm，宽约2mm，形状像稻谷状。小茴香的分果呈长椭圆形，有5条隆起的棱线，横切面呈五边形，背面四边约等长。

气味不同

莳萝的香气接近于香芹，但比香芹的香气更强烈些，有十分浓郁的辛香味，同时还点清凉的气味，闻起来十分温和而不刺激，味道辛香甘甜。

小茴香的气味偏甜些，味道比较强烈，后劲比莳萝足。

作用不同

虽然很多人将莳萝和小茴香混为一谈，把莳萝当作小茴香使用，把小茴香当作莳萝使用，但实际上这两种香料在烹调的作用并不相同。简单来说，莳萝主要用于水产类食材的调味，而小茴香主要用于畜禽类食材的调味。