引起肠胃不适

木糖醇本性偏凉，对肠胃有刺激作用，不容易被胃酶分解，在肠道内吸收不到20%,容易在肠壁积累，大量木糖醇很难顺利消化吸收，从而造成渗透性腹泻，引起腹部不适、胀气、肠鸣。在欧美国家，一般含有木糖醇的食品，都会在标签上注明“过量摄取可能会导致腹泻”这样的消费提示。

引起高血脂

木糖醇在代谢后期需要胰岛素促进。进食过量，可造成血液中甘油三酯升高，血脂升高，甚至冠状动脉粥样硬化。

损伤肾功能

低、中剂量木糖醇可导致血尿酸水平升高，加重肾小管损伤;同时木糖醇在代谢过程中产生尿酸和草酸，引起高尿酸血症和高草酸血症，进而损害肾功能。

对于易合并高尿酸血症的糖尿病患者来说应用大量和长期的木糖醇应持谨慎。有报道一糖尿病患者平均摄入木糖醇约100g/d，如此长达3年之久而导致的乳酸酸中毒及肾功能不全。