1、引起肠道问题：肠胃道方面的问题是此药物的主要副作用，包括脂肪泻(因大量未吸收的脂肪到达大肠而产生的稀、油便)、大便失禁以及紧急频繁的肠道运动，为了减少这些副作用，应避免食用高油的食品，罗氏鲜的生产厂商也建议服用者应搭配低油、低卡路里的饮食。油便和肠胃胀气可以透过将脂肪摄取量降低至每餐15克来控制。
2、损伤肝脏：还有研究认为服用奥利司他，极偶尔的情况下会出现肝功能受损。比如国外有报道，一名57岁的女性，在网上自行购买了奥利司他，单次120毫克，每天3次这么吃。10周后，出现恶心、黄疸和全身倦怠。于是停药。但8周后黄疸加深，中度腹水。肝组织活检发现是急性重度药物性肝炎、肝衰竭。
3、引起草酸盐肾病：葛兰素史克公司的新药里提示，奥利司他跟左旋甲状腺素或镇痛剂一起吃，会导致草酸盐肾病。
4、引起过敏：偶有对奥利司他胶囊过敏的报道。主要的临床表现为瘙痒、皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿和过敏反应,出现大疱疹十分罕见。上市后监测还发现有胰腺炎的报道。
5、其它不良反应：服用奥利司他胶囊临床上观察到的其它少见不良事件如上呼吸道感染、下呼吸道感染、流行性感冒、头痛、月经失调、焦虑、疲劳、泌尿道感染。
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