原料不同

用来制作咸鸭蛋的基本都是内陆地区人工饲养的鸭子所产的鸭蛋，这种鸭子一般是以湖中的小鱼小虾和人工喂养的饲料为食。

海鸭蛋是中国沿海地区雷州湾国家红树林保护区、北海钦州、福建、宁波等沿海地区的海边红树林区域涂滩养殖的海鸭所产的蛋，一般是吃海里的鱼虾或者小蟹和小海螺，比人工饲料更天然，无激素，无添加。

价格不同

咸鸭蛋采用的普通鸭子下的蛋，喂养成本低，人工饲料中有很多添加剂，所以生长很快，所产的鸭蛋数量也很多，鸭蛋的体积也偏大，价格也就很便宜。

海鸭都是放养的，所吃的也是纯天然的，因此蛋的产量就不高，而且鸭蛋的体积也偏小，故而价格比较昂贵。

蛋黄颜色不同

普通鸭蛋一般是黄色的蛋黄;

而海鸭蛋蛋黄比普通鸭蛋的蛋黄要大，并且较红;

此外海鸭蛋体积小，但是却分量重，摇晃起来感觉非常饱满。

营养价值不同

普通的咸鸭蛋含有蛋白质、磷脂、维生素A、维生素B2、维生素B1、维生素D、钙、钾、铁、磷等营养物质。

而海鸭蛋所含的卵磷脂差不多是牛奶所含的50倍，也是鸡蛋所含的的6倍，而胆固醇含量只有普通鸡蛋的50%。