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切扁桃体
对于有问题的扁桃体，切除之后并没有危害，因为反复炎症的扁桃体没有太多生理功能。
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切除指征
1、急性扁桃体炎反复发作，或得过一次但曾经引起咽旁隙感染或扁桃体周围脓肿的。
2、扁桃体过度肥大，影响吞咽、呼吸及发音(吞咽费力、说话有含球音等)，或肥大导致阻塞性睡眠呼吸暂停，低通气综合征(也就是鼾症，晚上睡觉打呼噜、憋气，儿童多见)。
3、下颌角淋巴结肿大找不到原因的。
4、不明原因的低热及其他扁桃体源性疾病，如慢性扁桃体炎合并急、慢性肾炎，并发风湿性心脏病，银屑病等。
5、其他如扁桃体角化症及良性肿瘤。
6、茎突截短术的前驱手术。茎突在扁桃体窝的后面，被扁桃体遮挡，所以必须切除扁桃体。7、慢性鼻炎、鼻窦炎患者经久不愈，考虑于慢性扁桃体炎有关，可切除扁桃体。
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不切扁桃体
大多数人的扁桃体有一定的生理功能，如果没有手术指征，不能切除。
扁桃体是咽部的淋巴器官，咽腔是呼吸道、消化道上端的通道，像人体的屏障一样，属于门户器官。
扁桃体是咽部的淋巴器官，有一定的抗炎功能，而且会分泌淋巴细胞，对人体有免疫功能和抵抗炎症的功能，所以不该切的扁桃体不能切除。比如在儿童时期，一般3-5岁，淋巴器官可能是发育比较旺盛的状态，扁桃体会有轻度肥大。如果没有太多症状，后续也没有反复发炎刺激，可能会有萎缩、缩小的趋势，不用切除。
因此对于扁桃体肥大很严重的患者，会影响到呼吸或者吞咽功能，比如出现张嘴呼吸、夜间打鼾，甚至严重的有阻塞性睡眠呼吸暂停等现象。还有反复的发炎是一个炎症病灶，容易引起全身的并发症，在这些情况下，即为有手术指征，需要进行手术切除。
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