制法不同

生牡蛎和煅牡蛎都是用从水中捕捞出来的牡蛎制成的，但两者制法有些不同，生牡蛎是是在牡蛎的基础上，去掉壳外面附着的杂质，并干燥之后，敲成小块，筛去灰屑而成的。而煅牡蛎则是在生牡蛎的基础上，经过烈火煅烧而成的制牡蛎。

外表颜色不同

生牡蛎是宝色或是灰黄色，或是灰色的，表面凸凹不平。

煅牡蛎是灰白色，间有青灰色或淡灰黄色，稍微有点烧焦的臭味。

功效及用法不同

生牡蛎偏于软坚散结(用于痰湿结滞的痰核、瘿瘤、瘰疬、包块等)、平肝潜阳(可用于高血压的肝阳上亢型)。

煅牡蛎偏于收敛止汗(用于自汗、盗汗、遗精、遗尿、妇科崩漏、白带过多等)、安神(用于失眠)、制酸止痛(用于胃酸过高的胃病，如消化性溃疡)。 医生在处方时，一般会注明是生牡蛎还是煅牡蛎的。