在怀孕的前10至12周发生的大多数早期流产与遗传异常有关。它们经常发生是因为染色体缺失或过多导致胚胎或胎儿无法正常发育。约50%的偶发性流产都归因于此。
子宫是孕育胎儿的地方，若它有异常也容易导致流产，比如纵膈子宫、子宫内膜息肉、粘膜下子宫肌瘤、宫腔粘连、宫颈机能不全等子宫解剖异常，可以导致约15%-20%的流产。
常见与复发性流产相关的内分泌异常主要包括黄体功能不足、甲状腺功能异常、高泌乳素血症、胰岛素抵抗、高雄激素血症等。对于过度肥胖、消瘦、月经不规则的患者尤其要注意相关内分泌异常的筛查。
妊娠期间，无论是全身性的感染或是生殖泌尿系统局部感染，都可能导致流产。在排除复发性流产的病因时，生殖道衣原体、支原体、分泌物检查就显得十分必要。
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