近亲结婚后代的隐性遗传病将是非近亲结婚后代隐性遗传病的150倍。据调查，近亲结婚的后代所患的先天性心脏病、无脑儿、脊髓裂变等多基因病的发病率约为1.64%，高于非近亲结婚子女的0.57%。
近亲结婚的孩子早期死亡率和畸形率也比较高。近亲结婚的夫妻，生育的后代很可能会早期死亡，死亡概率是非近亲结婚夫妻所生子女的三倍不止，并且近亲结婚还会使生育的小孩先天畸形率大大提高，比如出现多指、并指和其他畸形。
近亲结婚夫妻所生小孩的智力问题也会受到一定程度的影响，一般近亲结婚会容易导致小孩的智力低下，出现先天异常的情况也比非近亲结婚夫妻生育的小孩要多。
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