附睾炎会是的附睾分泌的各种营养精子的物质明显减少，使精子应在附睾获得的各种能力明显减弱，最终导致排出精液中不能活动的精子或死精子比率明显增高。即便能活动的精子，其活动能力也减弱，从而引发弱精子症或死精子症。
附睾炎多是由细菌、病菌等引起的，若患者是感染支原体、衣原体等病原体所致，这些病原体产生的毒素也会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时，白细胞、巨噬细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能不分好歹，误伤或误杀精子。炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，造成畸形精子率上升、死精子增多。
附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致近附睾端不完全性或完全性输精管梗阻，这样会让精子被堵截在附睾管内出不去，从而造成男性出现梗阻性少精子症或无精子症。
附睾炎还是导致男子体内形成抗精子抗体的重要原因。抗精子抗体形成后，对男性生育也有很大影响。比如抗体进入血液循环，会影响生殖器官的功能。若抗精子抗体发生的免疫反应作用于睾丸组织，则能形成特殊的破坏作用，使睾丸的生精功能发生异常，出现生精障碍性无精子症。
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