附睾炎常由泌尿系前列腺炎和精囊炎的致病菌沿输精管蔓延到附睾所致，常见致病菌有大肠杆菌、沙眼衣原体等。
尿液可返流入精囊腺内，无菌尿返流可导致尿液进入射精管，导致化学性附睾炎，还可继发于前列腺炎或尿路感染。
前列腺摘除术后尿中可能带菌8-12周，在排尿时尿液返流进入射精管内，引起逆行感染而导致附睾炎;感染也可通过周围淋巴管侵入附睾。
约20%腮腺炎患者会并发睾丸炎和附睾炎。这是因为腮腺炎病菌细菌侵犯有活性的腺体，而睾丸为男性的性腺体，活性强，所以会因腮腺炎而引起附睾炎。
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