初乳中所含有的分泌型免疫球蛋白，可增强婴儿呼吸道和胃肠道细胞的抵抗力。初乳中还含有各种各样的细胞，可直接或间接杀灭细菌。初乳中的乳铁蛋白也具有杀菌能力。分泌型IgA不仅具有杀菌功效，还具有防止异种蛋白从肠道吸收的免疫作用，因而起到预防过敏症的作用。初乳喂养的婴儿结肠内大肠杆菌少，而对身体有益的双歧杆菌占多数。由于大量益生菌的存在，使得病原菌在肠粘膜上很难吸附。
母乳中的优质蛋白比例合理，不易引发婴儿过敏，持续保持恰好的蛋白质含量，可以帮助降低婴幼儿在远期发生肥胖的风险。
迄今为止，从母乳里分离出来的细菌种类超过200余种，含有大量益生菌。这些细菌主要是乳酸菌、双歧杆菌等为代表的益生菌和以葡萄球菌、链球菌为代表的条件致病菌。而母乳中所含的条件致病菌很少，在人体免疫功能正常的情况下，它不致病。益生菌则能够促进神经系统的发育，促进抗敏功能。
婴儿在进食母乳的时候接触到了母亲的乳头粘膜及乳晕皮肤，吸吮时把附着其上的益生菌吞咽到消化道，这些益生菌调节肠道的一些细菌的微生态，起到保护肠道避免过敏的作用。
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