小孩先天性心脏病的发病机制比较复杂，一些先天性的心脏病确实有一定的遗传因素。其中遗传因素主要包括染色体病、单基因病、多基因病和先天性的代谢紊乱，环境因素主要考虑是母体接触的化学环境、宫内感染和母亲妊娠期疾病，即服用的药物和高温、辐射暴露等因素。
所以有先天性心脏病的病人，他的下一代的婴幼儿必须要进行心脏方面的特殊检查，因为其几率要比正常小儿的几率要高。
所以，及早的发现可以及时的进行干预，比如室间隔缺损、房间隔缺损，还有动脉导管未闭，这些先天性心脏病症状比较轻微，婴幼儿时期基本上没有典型的临床表现，都是通过心脏听诊或者是心脏彩超检查而诊断的。
这样的患儿在平常的日常生活中要注意关注，减少形成支气管炎、肺炎的频率，自我痊愈的机会还是非常大的。
先天性心脏病形成的原因是多因素的，包括以下几方面：
(1)环境因素(10%)：高原地区动脉导管未闭及房间隔缺损发病率较高，先天性心脏病的发生可能与缺氧有关。有些先天性心脏病还有性别倾向性。
(2)胎儿周围环境因素(28%)：妊娠早期子宫内病毒感染，以风疹病毒感染后多见，常引起动脉导管未闭及肺动脉口狭窄，其次为柯萨奇病毒感染可引起心内膜弹力纤维增生症，此外羊膜病变，胎儿周围机械压迫，母体营养障碍，维生素缺乏及代谢病，母体用细胞毒类药物或较长时间放射线照射，均可能与本病发生有关。
(3)遗传因素(10%)：5%先心病患者发生于同一家族，其病种相同或近似，可能由于基因异常或染色体畸变所致。
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