原理不同

涂氟是用一种加入氟化物的有机溶液涂布于牙齿表面，可以预防龋病。

而窝沟封闭是在不去除牙体组织，在颌面、颊面或者是舌面的点隙、裂沟内涂布一层黏结性的树脂，保护釉质不受细菌及代谢产物侵蚀，达到预防龋病发生的一种有效的防龋方法。

使用材料不同

窝沟封闭使用的是黏性的高分子材料，而涂氟使用的是含氟的化合物，可以用含氟的涂料，也可以用含氟的凝胶，也可以用含氟的泡沫。

作用的范围不同

涂氟可以把含氟的涂料、凝胶或者泡沫涂布于整个的牙面，使整个的牙面都预防龋坏。而窝沟封闭是将树脂用于窝沟、点隙内，只预防窝沟、点隙内的龋病。