除了利巴韦林，还可以涂抹一些干扰素，是一种抗病毒的外用药物，家长不要私自给宝宝用，应该在医生的指导下使用。
干扰素是一种功能强大的抗病毒药物，对多种病毒性传染病具有明显的疗效，已广泛应用于临床，其治疗机制是阻断病毒RNA在细胞内的繁殖，抑制病毒核糖核酸的合成以阻止病毒复制，通过增强自然杀伤淋巴细胞毒素的活性来增强宿主免疫。
适当使用干扰素可以提高机体的细胞免疫功能，达到抑制病毒和促进机体恢复的目的。研究表明，干扰素联合中药制剂消耳清宁治疗手足口病疗效显著。
小孩手足口病期间还可以使用更昔洛韦，这是一种抗生素药物和退热药物。
研究表明，更昔洛韦治疗手足口病优于利巴韦林，发热和疱疹消退时间明显短于利巴韦林。
但更昔洛韦对骨髓的抑制作用及其长期毒性有待进一步研究，其他研究表明利巴韦林注射液联合更昔洛韦治疗儿童手足口病的疗效比较好。
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