脐带血的制备是将其成分分离、提纯、留取血样的过程，这个过程对于脐带血是否能够成功冻存起到关键作用。脐带血经过密度梯度离心，去除红细胞和血浆，提取造血干细胞。在脐带血的制备过程中，工作人员会留取一部分血样，连同母亲的血液样本进行一系列安全性、有效性检测，包括病毒核酸检测、微生物酶免检测、无菌检测、造血干细胞数量及活力检测等。
脐带血放入液氮正式储存前，为了防止造血干细胞在低温环境中破损，需要对脐带血加入冷冻保护剂，进行降温处理。在降温的过程中，要利用专业的计算机程序逐步缓慢降低温度，直至-90°C后才可以转入-196℃深低温液氮中进行长期冻存，这样才可以保证和不影响干细胞的活性。
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